واحدهاي اجرايي امور اجرايي سازمان به عهده واحدهاي زير است: ý    مديريتهاي حسابرسي حسابرسي و بازرسي قانوني شرکتها و حسابرسي طرحهاي تملک داراييهاي ثابت که به عهده سازمان محول است از طريق گروههاي حسابرسي که در حدود 60 مديريت سازماندهي شده‌اند، انجام مي‌گيرد. رسيدگيهاي سازمان طبق استانداردهاي حسابرسي و با رعايت قوانين و مقررات موضوعه انجام مي‌شود و به اظهارنظر درباره صورتهاي مالي واحد حسابرسي شده و همچنين، اظهار‌نظر درباره گزارش هيأت‌مديره و رعايت قوانين و مقررات مربوط توسط واحد مورد رسيدگي مي‌انجامد. در صورت درخواست واحدهاي مورد رسيدگي يا مراجع ذيصلاح، گزارشهاي ويژه نظير گزارش حسابرسي مالياتي، گزارش در مورد افزايش سرمايه و گزارش امين طرحهاي اوراق مشارکت نيز تهيه و ارائه مي‌شود. ý    خدمات سيستم و مشاوره مالي مديريتي اين واحد توسط کارکنان متخصص خود به مؤسساتي که متقاضي مشاوره مديريت و يا استقرار سيستمهاي مالي هستند خدمات لازم را ارائه مي‌کند. ý    مديريت حسابرسي عملياتي اين واحد با توجه به نياز کشور در بخش عمومي به حسابرسي عملياتي، از سال 1382 عهده‌دار انجام حسابرسي عملياتي در واحدهاي متقاضي يا واحدهاي مورد تشخيص مجمع سازمان است.