واحدهاي ستادي براي تنظيم و اداره امور و سرپرستي و هدايت واحدهاي ستادي، دو معاونت در تشکيلات سازمان حسابرسي پيش‌بيني شده است که عبارتند از: معاونت فني اين معاونت امور برنامه‌ريزي، هدايت و هماهنگي فعاليتهاي مربوط به کنترل کيفيت، تدوين استانداردها، آموزش و تحقيقات و بررسيهاي فني و حرفه‌اي را به عهده‌دارد. واحدهاي تحت نظر اين معاونت عبارتند از: ý    مديريت کنترل کيفيت که با استفاده از کادر حرفه‌اي ذيصلاح، طبق برنامه‌اي منظم، کيفيت حسابرسيهاي انجام شده را کنترل و رهنمودهاي لازم را در جهت اصلاح و بهبود ارائه مي‌کند. ý    مديريت تدوين استانداردها که با تشکيل کارگروههايي، امور مربوط به تدوين و پيشنهاد متون استانداردهاي حسابداري و حسابرسي را در هر يک از موضوعات خاص به عهده دارد. ý    مديريت آموزش و تحقيقات که با استفاده از کادر پژوهشي و حرفه‌اي عضو و پژوهشگران مدعو، امور تحقيقاتي و انتشارات سازمان را به عهده دارد و انتشار کتب مختلف حسابداري و حسابرسي و رشته‌هاي پيراموني در مرکز تحقيقات تخصصي حسابداري و حسابرسي اين واحد انجام مي‌شود. ý    اين واحد علاوه بر اين، عهده‌دار برنامه‌هاي آموزش ضمن خدمت کارکنان و تنظيم و اجراي برنامه‌هاي آموزشي براي مديران و واحدهاي تحت حسابرسي است و امور دبيرخانه کميته آموزش و تحقيقات را نيز به عهده دارد. ý    مديريت بررسيهاي فني و حرفه‌اي، نقش دبيرخانه کميته فني را ايفا مي‌کند و با استفاده از کارشناسان متخصص و با تجربه خود ضمن انجام امور مربوط به موارد ارجاع شده از سوي کميته فني براي مسائل حسابداري و حسابرسي شرکتها و مؤسسات مورد رسيدگي، راه حل مناسب ارائه يا به کميته فني پيشنهاد مي‌کند. معاونت توسعه مديريت برنامه‌ريزي براي استقرار نظام مناسب امور پشتيباني، هدايت و هماهنگي فعاليتهاي مربوط به امور اداري، امور مالي، طرح و برنامه، تهيه و کنترل بودجه به عهده اين معاونت است و روابط بين مديريتهاي تحت نظر را از جهت ارائه خدمات پشتيباني به ساير واحدهاي حرفه‌اي و تخصصي سازمان تنظيم ميکند. واحدهاي تحت نظر اين معاونت عبارتند از: مديريت امور اداري، مديريت امور مالي و مديريت نوسازي و تحول اداري.