حسابرسي مهمترين وظيفه و مسئوليت سازمان حسابرسي، حسابرسي و بازرسي قانوني شرکتها و واحدهاي انتفاعي بخشهاي دولتي و عمومي است. از جمله شرکتها و مؤسساتي که در سالهاي اخير توسط سازمان، حسابرسي، شده‌است. مي‌توان از بانکهاي کشور، شرکت ملي نفت ايران، شرکتهاي گاز و پتروشيمي، شرکتهاي آب و برق سراسري، شرکتهاي مخابرات، شرکت دخانيات، شرکتهاي بيمه، سازمان بازنشستگي و بسياري ديگر از صنايع بزرگ و زيربنايي کشور نام برد. سازمان تأمين اجتماعي، بنياد مستضعفان و جانبازان، بنياد شهيد و بنياد 15 خرداد و شرکتهاي تابعه آنها، گروه عمده ديگري از مؤسسات حسابرسي شده توسط اين سازمان را تشکيل مي‌دهد. شرکتهاي سرمايه‌گذاري و ديگر شرکتهاي تحت پوشش بانکها از جمله ديگر مؤسساتي هستند که در سال 1386 توسط سازمان، حسابرسي شده‌اند. علاوه براين، سازمان حسابرسي يکي از مؤسسات حسابرسي معتمد بورس اوراق بهادار است سازمان حسابرسي، علاوه بر حسابرسي صورتهاي مالي، در اجراي ماده 272 قانون مالياتهاي مستقيم براي شرکتهايي که درخواست انجام حسابرسي مالياتي داشته‌اند گزارش حسابرسي مالياتي تهيه کرده است. توزيع واحدهاي حسابرسي شده برحسب نوع مالکيت در نمودار و جدول زير نشان داده شده است.
وضعيت مالكيت واحدهاي مورد رسيدگي در سال 1386
	% تعداد واحدهاي مورد رسيدگي 58.4 651 شركتهاي دولتي وابسته به دولت 26.3 293 نهادها و شركتهاي تحت پوشش آنها 7.7 86 بانكها، بيمه ها و شركتهاي تحت پوشش 2.7 30 شركتهاي تحت پوشش نهاد رياست جمهوري 4.9 54 ساير 100 1114 جمع
حسابرسان سازمان در اظهارنظر نسبت به صورتهاي مالي رسيدگي شده استقلال رأي دارند و گزارشهاي حسابرسي توسط مديريتهاي حسابرسي، تهيه و با امضاي مدير فني و عضو هيأت‌عامل ذيربط با مدير ارشد مربوط صادر مي‌شود. انواع اظهارنظر نسبت به صورتهاي مالي شرکتهاي حسابرسي شده در جدول و نمودار زير نشان داده شده است:
انواع اظهارنظر نسبت به صورتهاي مالي مورد رسيدگي در سال 1386
	% تعداد نوع اظهارنظر 40 446 مقبول 54.7 610 مشروط 2.2 24 مردود 3.1 34 عدم اظهارنظر 100 1114 جمع
علاوه بر حسابرسي صورتهاي مالي سال 1385 شرکتها و اظهارنظر نسبت به آنها، در سال 1386 خدمات حسابرسي زير نيز ارائه شده است:
597 حسابرسي مالياتي 204 رسيدگي به طرحهاي تملک داراييهاي سرمايه‌اي 840 نامه مديريت 284 گزارش بررسي ويژه شامل افزايش سرمايه 242 گزارش بررسي اجمالي صورتهاي مالي مياندوره‌اي 3 گزارش حسابرسي عملياتي 94 گزارش حسابرسي رويدادهاي مالي آتي