بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در سال 1357، به موجب قوانین و مقرراتی که به تصویب شورای انقلاب رسید شرکتها و مؤسسات انتفاعی و غیرانتفاعی متعددی ملی شدند یا تحت مدیریت دولت قرار گرفتند. برای حسابرسی این گونه مؤسسات، سه مؤسسه حسابرسی در بخش عمومی ایران به نامهای مؤسسه حسابرسی سازمان صنایع ملی و سازمان برنامه) مؤسسه حسابرسی بنیاد مستضعفان (1359) و مؤسسه حسابرسی شاهد (1362) تشکیل شد و هریک حسابرسی و بازرسی قانونی گروهی از شرکتها و مؤسسات را عهده‌دار گردیدند.

در سال 1362 به موجب قانونی که به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید مقرر شد با ادغام این سه مؤسسه و شرکت سهامی حسابرسی (که در سال 1350 تشکیل شده بود و حسابرسی شرکتهای دولتی را به عهده داشت) سازمان حسابرسی تشکیل شود. اساسنامه قانونی سازمان حسابرسی در سال 1366 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید؛ و به این ترتیب، سازمان حسابرسی به صورت مؤسسه‌ای دارای شخصیت حقوقی و استقلال مالی و وابسته به وزارت امور اقتصادی و دارایی تشکیل شد که ضمن ادامه اجرای وظایف مؤسسات مذکور به فعالیت در سایر زمینه‌های مقرر در اساسنامه خود پرداخت.