مجمع عمومی سازمان متشکل است از وزیر امور اقتصادی و دارایی به عنوان رئیس مجمع، رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی، رئیس کل بانک مرکزی، وزیر صنایع و معادن و وزیر بازرگانی. مجمع عمومی، امور سیاست گذاری و تصویب برنامه ها، آیین نامه ها و صورتهای مالی و انتخاب اعضای هیأت عامل را به عهده دارد. اصول و ضوابط حسابداری و حسابرسی و همچنین موازین اخلاقی و انضباطی سازمان نیز به تصویب این مجمع می رسد.
هیأت عامل سازمان مشتمل بر 9 نفر عضو، از بین حسابداران متخصص و با تجربه است که توسط مجمع عمومی انتخاب می شوند. امور برنامه ریزی، سازماندهی، تهیه و تدوین آئین نامه ها، مدیریت و اجرای برنامه ها به عهده مدیر عامل و اعضای هیأت عامل است و هر یک از اعضای هیأت عامل بخشی از فعالیتهای سازمان را سرپرستی می کنند. هیأت عامل وظیفه دارد متون پیشنهادی اصول و ضوابط حرفه ای را بررسی و تأیید کند و برای تصویب نهایی به مجمع عمومی ارائه دهد.
هیأت عالی نظارت مرکب است از یک رئیس و چهار نفر افراد مسلط به امور حسابداری و حسابرسی که رئیس هیات عالی نظارت و یک عضو با پیشنهاد وزیر امور اقتصادی و دارائی و تصویب هیات وزیران و دو عضو با انتخاب رئیس دیوان محاسبات و یک عضو با پیشنهاد دادستان کل کشور منصوب میشوند و وظایف نظارت مستمر بر عملیات جاری سازمان را به عهده دارند و گزارشهای لازم از بررسی های خود را به مجمع عمومی و در صورت لزوم به مراجع ذیربط قانونی تسلیم می کنند.
به منظور حسن اجرای وظایف تخصصی، بیش از ده کمیتة تخصصی مرکب از حسابداران متخصص و با تجربه انتخاب شده اند که زیر نظر هیأت عامل انجام وظیفه می کنند.
این کمیته از ده عضو تشکیل شده است و تدوین ضوابط و دستورالعملهای فنی و حرفه ای و ارائه راه حل برای مسائل خاص حسابداری و حسابرسی شرکتها و واحدهای مورد رسیدگی را به عهده دارد. امور اجرایی این کمیته توسط مدیریت بررسیهای فنی و حرفه ای انجام می شود.
این کمیته از شش عضو تشکیل شده است و تهیه و تصویب برنامه های آموزشی، تحقیقاتی و انتشاراتی و هدایت و نظارت بر برگزاری سمینارها را به عهده دارد. امور اجرایی این کمیته توسط مدیریت آموزش و تحقیقات انجام می شود.
این کمیته از پنج عضو تشکیل شده است و تدوین موازین اخلاقی و رفتار حرفه ای و بررسی و اعلام نظر نسبت به موارد تخلف حرفه ای کارکنان سازمان از موازین مزبور را به عهده دارد.
برای اجرای وظایف تخصصی سازمان با استفاده بیشتر از نظرات نیروهای متخصص، علاوه بر کمیته های فوق الذکر، کارگروههای تخصصی دیگری از جمله اصلاحات راهبردی، قوانین و مالیاتی، تدوین استانداردهای حسابداری و حسابرسی، کنترل کیفیت، ترفیعات و طبقه بندی مشاغل، سیستم اطلاعات مدیریت و . . . نیز تشکیل شده است.
