امور اجرایی سازمان به عهده واحدهای زیر است:
حسابرسی و بازرسی قانونی شرکتها و حسابرسی طرحهای تملک داراییهای ثابت که به عهده سازمان محول است از طریق گروههای حسابرسی که در حدود 60 مدیریت سازماندهی شده اند، انجام می گیرد. رسیدگیهای سازمان طبق استانداردهای حسابرسی و با رعایت قوانین و مقررات موضوعه انجام می شود و به اظهار نظر در باره صورتهای مالی واحد حسابرسی شده و همچنین، اظهار نظر در باره گزارش هیأت مدیره و رعایت قوانین و مقررات مربوط توسط واحد مورد رسیدگی می انجامد. در صورت درخواست واحدهای مورد رسیدگی یا مراجع ذیصلاح، گزارشهای ویژه نظیر گزارش حسابرسی مالیاتی، گزارش در مورد افزایش سرمایه و گزارش امین طرحهای اوراق مشارکت نیز تهیه و ارائه می شود.
این واحد توسط کارکنان متخصص خود به مؤسساتی که متقاضی مشاوره مدیریت و یا استقرار سیستمهای مالی هستند خدمات لازم را ارائه می کند.
این واحد با توجه به نیاز کشور در بخش عمومی به حسابرسی عملیاتی، از سال 1382 عهده دار انجام حسابرسی عملیاتی در واحدهای متقاضی یا واحدهای مورد تشخیص مجمع سازمان است.
