برای تنظیم و اداره امور و سرپرستی و هدایت واحدهای ستادی، دو معاونت در تشکیلات سازمان حسابرسی پیش بینی شده است که عبارتند از:
این معاونت امور برنامه ریزی، هدایت و هماهنگی فعالیتهای مربوط به کنترل کیفیت، تدوین استانداردها، آموزش و تحقیقات وبررسیهای فنی و حرفه ای را به عهده دارد. واحدهای تحت نظر این معاونت عبارتند از:
این واحد، علاوه براین، عهده دار برنامه های آموزش ضمن خدمت کارکنان و تنظیم و اجرای برنامه های آموزشی برای مدیران و واحدهای تحت حسابرسی است و امور دبیرخانه کمیته آموزش و تحقیقات را نیز به عهده دارد.
برنامه ریزی برای استقرار نظام مناسب امور پشتیبانی، هدایت و هماهنگی فعالیتهای مربوط به امور اداری، امور مالی، طرح و برنامه، تهیه و کنترل بودجه به عهده این معاونت است و روابط بین مدیریتهای تحت نظر را از جهت ارائه خدمات پشتیبانی به سایر واحدهای حرفه ای و تخصصی سازمان تنظیم می کند. واحدهای تحت نظر این معاونت عبارتند از: مدیریت امور اداری، مدیریت امور مالی و مدیریت نوسازی و تحول اداری.
