مهمترین وظیفه و مسئولیت سازمان حسابرسی، حسابرسی و بازرسی قانونی شرکتها و واحدهای انتفاعی بخشهای دولتی و عمومی است. از جمله شرکتها و مؤسساتی که در سالهای اخیر توسط سازمان، حسابرسی شده است می توان از بانکهای کشور، شرکت ملی نفت ایران، شرکتهای گاز و پتروشیمی، شرکتهای آب و برق سراسری، شرکتهای مخابرات، شرکت دخانیات، شرکتهای بیمه، سازمان بازنشستگی و بسیاری دیگری از صنایع بزرگ و زیربنایی کشور نام برد. سازمان تأمین اجتماعی، بنیاد مستضعفان و جانبازان، بنیاد شهید و بنیاد 15 خرداد و شرکتهای تابعه آنها، گروه عمده دیگری از مؤسسات حسابرسی شده توسط این سازمان را تشکیل می دهد. شرکتهای سرمایه گذاری و دیگر شرکتهای تحت پوشش بانکها از جمله دیگر مؤسساتی هستند که در سال 1386 توسط سازمان، حسابرسی شده اند. علاوه بر این، سازمان حسابرسی یکی از مؤسسات حسابرسی معتمد بورس اوراق بهادار است سازمان حسابرسی، علاوه بر حسابرسی صورتهای مالی، در اجرای ماده 272 قانون مالیاتهای مستقیم برای شرکتهایی که درخواست انجام حسابرسی مالیاتی داشته اند گزارش حسابرسی مالیاتی تهیه کرده است. توزیع واحدهای حسابرسی شده بر حسب نوع مالکیت در نمودار و جدول زیر نشان داده شده است.

حسابرسان سازمان در اظهارنظر نسبت به صورتهای مالی رسیدگی شده استقلال رای دارند و گزارشهای حسابرسی توسط مدیریتهای حسابرسی، تهیه و با امضای مدیر فنی و عضو هیأت عامل ذیربط یا مدیر ارشد مربوط صادر می شود. انواع اظهارنظر نسبت به صورتهای مالی شرکتهای حسابرسی شده در جدول و نمودار زیر نشان داده شده است:

علاوه بر حسابرسی صورتهای مالی سال 1385 شرکتها و اظهارنظر نسبت به آنها، در سال 1386 خدمات حسابرسی زیر نیز ارائه شده است: